北京大学生命科学学院陆剑课题组和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰课题组合作撰写的论文《SARS-CoV-2的起源与持续进化》，日前发表在由中国科学院主办的英文综合性期刊《国家科学评论》上，对新冠病毒基因组的演化动态进行深入研究和解读。该研究最早提出了新冠病毒存在两个主要谱系，从基因组水平上加深了我们对这种新型病毒的认识，对新冠肺炎疫情的临床诊断具有重要参考价值。
陆剑课题组与崔杰课题组通过对新冠病毒和近缘病毒进行系统发生分析，发现新冠病毒虽然与蝙蝠冠状病毒RaTG13的基因组总体差异较小，但其基因组内中性进化位点的差异高达17%，表明新冠病毒在进化过程中经历了非常强的自然选择。通过对新冠病毒和来自马来穿山甲的冠状病毒的核苷酸比较，推测新冠病毒与其分歧事件并非近期发生，也说明新冠病毒的起源可能更为复杂。
陆剑课题组与崔杰课题组通过对当时公共数据库中仅有的103个新冠病毒基因组全序列进行分子演化系统分析，首次发现依据两个高度连锁的突变位点(分别位于参考基因组的第8782和28144位)，可以把新冠病毒主要分为“L”和“S”两个谱系，因基因组28144位突变对应的氨基酸分别是亮氨酸(L)和丝氨酸(S)而得名。在103个新冠病毒样品中，72个为“L”谱系，29个为“S”谱系;在另外2个样品中，1例可能是L和S谱系的混合体，而另1例由于发生了突变而不属于这两个谱系。虽然“L”谱系比“S”谱系更为普遍，但是进一步分析表明，“S”谱系更接近在蝙蝠和穿山甲体内发现的病毒，提示“S”更为古老。他们的数据分析还表明，新冠病毒的L和S两个谱系不是新近由于碱基发生变化而产生的，而是在病毒暴发的早期可能就已经存在了。陆剑介绍，“我们的研究从分子演化的角度加深了对新冠病毒的认识”。
“我们之前的研究是根据当时103个新冠病毒基因组全序列进行分子演化系统分析，得出了初步的阶段性结果;下一步我们还要连点成线，并结合临床数据和流行病学结果开展深入研究。”陆剑课题组正在深入研究新冠病毒序列在世界范围内的变化趋势，并与广州医科大学、武汉大学相关团队展开合作，将进化分析与临床数据相结合，做进一步研究。“我们希望和病毒学家、临床大夫等更多领域的科研工作者进一步合作，结合更多的基因组数据、临床信息及实验数据来更好地了解病毒，在充分认识病毒的基础上寻求最佳的治疗方法，服务于科学的抗疫政策的制定，最终战胜疫情。”陆剑说。
