《内审指引》提出，证券公司应建立总审计师制度。总审计师为证券公司高级管理人员，由董事长提名，由董事会任免。内部审计人员数量不得少于5人且不得少于公司员工人数的5‰。此外，证券公司应完善考核任免机制，将内部审计结果及整改情况作为公司人员考核评价、职务任免、奖励惩罚等的重要依据。
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证券公司需建立总审计师制度
根据《内审指引》，证券公司董事会应当下设审计委员会，按照有关规定建立总审计师制度。总审计师为证券公司高级管理人员，由董事长提名，由董事会任免，负责管理内部审计工作，组织、指导和督促内部审计工作有效开展。总审计师不得兼任或者分管与其职责相冲突的职务或部门。
在人员配备上，证券公司应当为内部审计部门合理配备内部审计人员，并提供充分的工作支持和履职保障。内部审计人员数量不得少于5人且不得少于公司员工人数的5‰。当然，内部审计人员应当具备履行内部审计职责所需的专业技能和从业经验，通过学习交流等方式提升岗位胜任能力。
在履职保障上，证券公司经营管理层应当保障内部审计部门和内部审计人员依法依规独立履行职责，根据内部审计发现的问题和相关建议及时采取有效整改措施。
在考核薪酬上，《内审指引》规定，证券公司应当对总审计师、内部审计部门和审计人员建立科学的考核机制。总审计师、内部审计部门负责人、内部审计人员的工作考核评价称职的，其薪酬收入总额应当不低于本公司其他同职级人员的平均水平。
要求强化内部审计结果的使用
《内审指引》提出，内部审计部门应当全面履行内部审计职责，个别审计事项需要外部审计支持的经批准后可以聘请社会中介机构、外部专家或调配不存在职能冲突的非审计部门人员等开展内部审计工作。但是，不得将内部审计事项外包给正为公司提供外部审计服务的机构。
此外，《内审指引》还要求强化内部审计结果的使用。证券公司应当完善内部审计发现问题整改机制，被审计单位应根据内部审计发现的问题和相关建议进行及时整改，对发现的典型性、普遍性、倾向性问题进行综合分析，进一步完善相关管理机制和内部控制制度。
同时，证券公司应完善考核任免机制，将内部审计结果及整改情况作为公司人员考核评价等的重要依据。内部审计部门还应加强同其他内部监督力量的协作，建立联合工作机制，依规提请对发现违规的责任人员进行问责，进一步压实各部门职责，提升证券公司内控管理能力。
若是内部审计人员因履行职责受到打击、报复、陷害的，公司应及时采取保护措施，并对相关人员进行处理；涉嫌犯罪的，依法移送司法机关追究刑事责任。
目前行业存在内部审计机制不完善情况
日前，兴业证券发布的研究报告就显示，很多证券公司都在公司治理中设计了内部审计机构向董事会负责并报告工作的机制，但实际工作中未能为内部审计独立、客观开展工作提供必要保障。比如，在考评方式上，内部审计机构需接受平级部门的满意度评价，在考评内容上，以项目数量为主，未能客观反映内审质效。审计人员的薪酬绩效缺少独立保障，导致内部审计人员在审计实施过程中需要考虑质效以外的其他因素，抑制了内部审计的效果。
此外，上述研究报告还指出，目前很多证券公司的风险评估机制还不健全，缺少企业层面的整体风险清单，未能从整体上了解自身风险概况，将很大程度上影响风险导向审计的效果。比如，在强监管的背景下，证券公司年度审计计划监管导向特征显著，分支机构常规离任、离岗审计通常占用了大部分审计资源，内审部门围绕公司经营管理活动的经济性、效率性和效果性开展的审计较少，未能在审计立项时从源头上考虑审计项目是否符合企业风险管理目标，能否为企业提供更相关和更有价值的监督和服务。
中国证券业协会表示，《内审指引》的制定，旨在进一步推动证券公司建立健全内部审计制度，完善内部审计监督体系，提高内部审计工作效能，以证券公司内部审计高质量运行力促证券行业高质量发展。
